O portal SciELO Brasil começou a operar publicamente em 1998, oficialmente com 29 periódicos e 801 artigos publicados.

O primeiro ano foi dedicado ao desenvolvimento da metodologia de publicação de periódicos em texto completo na Web, que contou com a participação ativa dos editores dos 10 periódicos brasileiros que formaram a primeira coleção SciELO Brasil.

O SciELO começou a ser implantado no início do ano de 1997 com um projeto cooperativo entre o Centro Latino-Americano e do Caribe de Informação em Ciências da Saúde (BIREME/OPAS/OMS) e a Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP).